在农作物栽培过程中，由于连年使用化肥，不仅造成土壤板结、肥效日减，还污染了环境，因此，化肥已被列为农业的三个污染源之一。微生物肥料的发展，不但能为农业生产提供新的肥源，还可以减轻化肥污染问题。
　　微生物肥料是从土壤中分离出有益微生物，经过人工筛选和繁育后制成的菌剂，又简称菌肥。
　　一、作用机理
　　　1．增加农作物营养。主要通过菌体代谢过程中产生酸性物质，促使土壤中固定不能被植物吸收利用的矿物质分解，从而释放为速效养分。如硅酸盐细菌肥料，在代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，改善土壤中养分的供应情况。
　　　2．刺激和调控植物生长。微生物肥料在施用后的生长繁殖过程中可以产生对植物有益的代谢产物，如硅酸盐细菌肥料可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生，这些生长刺激素对作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
　　　3．减少或降低植物病虫害。微生物肥料的多种微生物可以诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、苯甲氨酸解氨酶、脂氧合酶、几丁质酶、β一1，3葡聚糖酶等参与植物防御反应，利于防病、抗病。有的微生物种类具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌，使病原微生物难以生长繁殖，从而降低了作物病虫害的发生。
　　　4．增强抗旱能力。微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
　　　5．改善作物品质。微生物肥料使用后，减少了化肥用量，使农产品品质有良好的改善。有的微生物肥料使用后，可增加产品中的维生素C、糖类和氨基酸含量。
　　二、施用方法
　　　1．拌种。先将种子表面用水喷潮湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀黏满菌肥即可播种。
　　　2．育秧。做床式或盘式育苗时，可将菌肥拌入育苗土中堆置3天后再做成苗床或装入育苗盘；做营养钵育苗时，先将菌肥均匀拌人营养土中，再做成营养钵。
　　　3．穴施。先将菌肥与湿润的细土拌均匀，施在移栽或插秧的穴内，然后移栽幼苗或插秧。
　　　4．蘸根。将菌肥加适量细土和水拌成泥浆，将移栽秧或扦插苗在泥浆中浸数分钟，然后带浆移栽或扦插。
　　　5．追施。将菌肥配成菌肥水溶液，浇灌在作物行间或果树周围的浅沟内，浇完后即覆土。
　　　6．喷施。有些液体菌肥，可作叶面肥施用，方法是加水后充分混匀，喷洒在叶片的正反面即可。
　　三、使用注意事项
　　　1．选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规定指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。
　　　2．施用时尽量减少肥料中微生物的死亡。应避免阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。一般菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
　　　3．创造适宜的土壤环境。在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施。土壤过分干燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤的通透性。
　　　4．因地制宜推广应用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料应在豆科作物上广泛施用，解磷、解钾类微生物肥料应施用于养分潜力较高的土壤。
　　　5．避免开袋后长期不用。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
　　　6．避免在高温干旱条件下使用。微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。因此，应选择阴天或晴天的傍晚施用，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
　　　7．避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。